Bár sikeresek, a felsőoktatási könyvtárakban dolgozó könyvtárosok tudják, hogy nem minden olvasó lelkesedik az e-könyvekért. A hallgatók sokszor még mindig a nyomtatott könyveket részesítik előnyben, főleg ha egész művet kell elolvasniuk.
Egészen a közelmúltig a tudományos e-könyvek csak a szállítók saját platformjain és többnyire LCD képernyőkön voltak olvashatók. Ezeknek a műveknek az olvasásához folyamatos internetkapcsolatra van szükség, és görgetni kell az oldalakat. Egyes platformokon a tartalomjegyzékek nincsenek linkekkel ellátva, így nehéz megtalálni a keresett fejezeteket. A hivatkozások használata is nehézkes. Nincs mindenütt lehetőség arra, hogy könyvjelzőket helyezzünk el, szövegrészeket emeljünk ki, és jegyzeteljünk. A keresés hatékonysága gyakran rossz. A kifejezetten e-könyv olvasóeszközök nem olcsók, és a hallgatók többsége számára további terhet jelent, hogy a laptopok és egyéb eszközök mellé még egy eszközt kellene beszerezniük. Az oldalszámozás gyakori hiánya gondot okoz a hivatkozás során. A nyomtatott könyvek újraolvasásra, átlapozásra jobban használhatók.
Számos könyvtár választja a teljesen elektronikus gyűjtemény opcióját, különösen az orvosi-egészségügyi, műszaki és természettudományos területen. A több campuson működő könyvtárak egyre gyakrabban vesznek majd e-könyveket, ami olcsóbb megoldás, mint a több (nyomtatott) példányban történő beszerzés. Nem felejthetjük azonban el, hogy egy-egy új technika nem feltétlenül teszi feleslegessé a korábbiakat.(ref.: Koltay T.)
Humanus